阴离子聚丙烯酰胺的原理主要是指其絮凝作用。当制备成水溶液加入废水中时，会产生一个压缩的双电层，使废水中的悬浮颗粒失去稳定性，颗粒间相互增大，形成絮状物和明矾花。当絮体长大到一定体积后，在重力作用下会脱离水相沉淀，从而去除废水中的大量悬浮物，达到水处理的效果。

　　絮凝原理：阴离子聚丙烯酰胺用于絮凝时，与絮凝剂的表面性质有关，特别是与悬浮液的电位、粘度、浊度和pH值有关。颗粒表面的电位是颗粒抗聚合的原因。加入表面电荷相反的PAM可以降低电位，降低团聚。

　　吸附架桥：PAM分子链固定在不同颗粒的表面，颗粒之间形成聚合物桥，使颗粒形成聚集体并沉降。

　　表面吸附：极性基团粒子在聚丙烯酰胺分子上的各种吸附。

　　增强效果：PAM分子链与分散相通过各种力学、物理、化学等功能连接在一起形成网络。

　　由于阴离子聚丙烯酰胺具有极性基因酰胺基，容易被其氢键吸附在沉积物颗粒表面；

　　由于阴离子型聚丙烯酰胺分子链长，大量长链在水中具有巨大的吸附表面积，因此具有良好的絮凝效果，利用长链在颗粒间架起桥梁，形成大颗粒絮体，加速沉降。

　　在水净化污泥混凝过程中，借助于聚丙烯酰胺的絮凝和助凝作用，可能发生双离子化压缩，降低颗粒的聚集稳定性。在分子重力作用下，聚合物的阴离子基团可以取代分散相中的简单阴离子。